怀孕43天B超看不到孕囊的原因有以下几点：

1. 怀孕时间短，胚胎着床不完全。如果怀孕时间过短，胚胎在子宫内并未形成孕囊，则不能发现宫腔内有圆形的回声，也就是不能发现宫内有胎囊的情况。可以等待一个星期后再复查，经过一个星期后，随着胚胎的发育就可以发现宫内有胎囊。

2. 宫外孕。月经比较规律，排卵的时间也相对固定，在怀孕40天左右检查时宫腔内看不到孕囊。HCG有所增高，要警惕宫外孕。可以仔细观察双侧的输卵管和卵巢区，看是否有类似孕囊回声。必要时可结合抽血化验辅助确诊。如果患者有停经、出血、腹痛以及HCG阳性，宫内没有看到胎囊，则宫外孕的可能性比较大。

3. 生化妊娠。患者出现阴道不规则出血，检查时宫腔看不到孕囊。但是化验为阳性，要考虑为生化妊娠，也就是孕囊发育不良，早期流产。